Ratusan santri pondok pesantren Assalam Kudus yang berasal dari berbagai daerah dijadwalkan datang ke pondok dengan cara bertahap sedikit demi sedikit dan selalu menerapkan protokol kesehatan. Santri terlebih dahulu harus menjalani karantina mandiri di rumah masing-masing selama 14 hari sebelum jadwal keberangkatan masing-masing.
Sebelum berangkat, santri harus melakukan tes kesehatan di fasilitas kesehatan di daerahnya masing-masing, serta mengisi surat pernyataan bahwa santri dalam kondisi sehat dan telah melakukan karantina mandiri selama 14 hari.
Dalam peraturan yang dikeluarkan oleh pengurus pondok pesantren, keberangkatan santri harus menggunakan kendaraan pribadi dan diantar maksimal oleh 2 orang saja. Selain itu, santri harus memakai masker dari rumah dan selalu mematuhi protokol kesehatan.
Sampai di pondok, santri langsung menuju meja-meja yang telah ditata pengurus guna menyerahkan surat-surat yang telah ditentukan dan dilakukan tes cepat.
Selain itu, Dinas Kesehatan Kecamatan Jati Kabupaten Kudus juga dengan cara bertahap melakukan pengarahan kepada para santri dan melakukan tes cepat. Dinas Kesehatan datang ke pondok pesantren Assalam berturut-turut pada hari Selasa, Kamis, dan Sabtu kemarin. Dan pada kunjungan terakhir juga bersamaan dengan kunjungan oleh Komisi D DPRD Kab. Kudus.
Dengan mematuhi protokoler kesehatan, segala kegiatan yang berkaitan dengan orang luar, baik itu orang tua/wali maupun siswa selain pondok (siswa laju) diputuskan dibatalkan. Kegiatan-kegiatan tersebut akan dikonsep ulang dan dilakukan secara daring. Santri yang telah berada di pondok dan telah dilakukan tes tidak diperbolehkan kontak fisik dengan dunia luar pondok, dan siswa laju tidak diperbolehkan masuk madrasah sampai batas waktu yang belum ditentukan.
Multaqo Awwal Sanah yang setiap awal tahun ajaran baru selalu dilaksanakan, untuk tahun ini diputuskan tidak dilaksanakan dan diganti dengan sosialisasi secara daring yang akan dipublish di Website resmi dan semua akun resmi media sosial Assalam Kudus.
Kegiatan Belajar Mengajar di pondok pesantren ditata ulang agar memenuhi protokoler kesehatan. Santri-santri wajib selalu memakai masker dan menjaga kebersihan lingkungan. Kegiatan Belajar Mengajar untuk MTs MA NU Assalam akan dilakukan dengan cara daring.
